影响洁净棚的气流因素很多，如制程设备、人员、洁净室组装材、照明器具等，同时对于生产设备上方气流的分流点，亦应列入考虑因素。
一般操作台或生产设备等表面的气流分流点，应设于洁净室空间与隔墙板间距2/3之处，如此可使作业人员工作时，气流可从制程区内部流向作业区，而将微尘带走;若分流点配置在制程区前方，将成为不当的气流分流，此时大部份的气流将流至制程区之后，作业员操作所引起的尘埃将被带到设备后面，工作台因而将受到污染，良率也势必降低。
洁净室内的工作桌等障碍物，在相接处均会有涡流现象发生，相对地在其附近之洁净度将会较差，在工作桌面钻上回风孔，将使涡流现象减少低;组装材料之选择是否恰当、设备布局是否完善，亦为气流是否成为涡流现象之重要因素。
风机从FFU顶部将空气吸入，经初效过滤器过滤，过滤后的洁净空气在整个出风面以0.45m/s±20%的风速匀速送出到洁净棚内。形成均流层，使洁净空气气流呈垂直单向流，从而保证了工作区内所要求的洁净度。
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